李軍自2000年6月至今，歷任交通銀行總稽核、董事、常務董事、副行長；1998年4月至2000年6月，任交通行總稽核；1990年10月至1998年4月，歷任交通銀行武漢分行副總經理、行長；1985年10月至1990年10月，歷任工行武漢市分行信貸處副處長、技改信貸處處長；1975年8月至1985年10月，在中國人民銀行武漢市分行工作。

李軍于1995年獲華中理工大學經濟學碩士學位。

自2000年起，李軍就開始擔任交行副行長，相比之于交行的其他三位本土副行長，李軍的資歷最深。李軍的上述經歷被交行董事會認為其“既具有深厚的經濟金融理論功底，又具有豐富的銀行經營管理實際經驗。