自1987年第一家專業(yè)證券公司成立以來，處于經(jīng)濟(jì)體制轉(zhuǎn)軌時期的我國證券行業(yè)，在快速發(fā)展進(jìn)程中也積累了很多矛盾和問題，挪用客戶交易結(jié)算資金、違規(guī)理財、股東占用資金等違法違規(guī)現(xiàn)象，在一些公司中時有發(fā)生。2003年底至2004年初，隨著市場結(jié)構(gòu)性調(diào)整和持續(xù)低迷，以南方、閩發(fā)、“德隆系”等證券公司的問題充分暴露為初始，證券行業(yè)多年累積的風(fēng)險集中爆發(fā)，面臨嚴(yán)重的系統(tǒng)性危機(jī)。

根據(jù)摸底調(diào)查，當(dāng)時全行業(yè)客戶交易結(jié)算資金缺口640億元，違規(guī)資產(chǎn)管理1853億元，挪用經(jīng)紀(jì)客戶債券134億元，股東占款195億元；84家公司存在1648億元流動性缺口，其中34家公司的資金鏈隨時可能斷裂。證券公司的風(fēng)險已經(jīng)嚴(yán)重危及證券市場安全，波及社會穩(wěn)定，形勢異常嚴(yán)峻。根據(jù)國務(wù)院的決策和部署，證監(jiān)會迅速組織、動員、調(diào)配全系統(tǒng)的人員力量，會同有關(guān)部門和地方政府，采取一系列緊急措施，化解迫在眉睫的危險，控制個案風(fēng)險向外部蔓延和沖擊。與此同時，集中全系統(tǒng)和全行業(yè)智慧，研究標(biāo)本兼治的綜合性措施。自2004年8月起，按照風(fēng)險處置、日常監(jiān)管和推進(jìn)行業(yè)發(fā)展三管齊下的思路，采取全面摸清底數(shù)、督促公司整改、平穩(wěn)處置風(fēng)險、完善基礎(chǔ)制度、嚴(yán)格責(zé)任追究、完善法規(guī)體系等措施，對證券公司實(shí)施綜合治理。經(jīng)過三年的艱苦努力，到2007年8月，圓滿完成了綜合治理預(yù)定目標(biāo)：平穩(wěn)處置了南方、閩發(fā)、“德隆系”等31家高風(fēng)險證券公司，徹底糾正了證券公司挪保、委托理財?shù)冗`法違規(guī)行為，化解了長期積累的系統(tǒng)性風(fēng)險，初步建立了證券公司市場退出和投資者保護(hù)的長效機(jī)制。在綜合治理過程中，全面梳理、完善了證券公司的基本管理制度，改革完善了第三方獨(dú)立存管、國債回購等基礎(chǔ)制度，實(shí)現(xiàn)了風(fēng)險的制度性隔離，全面實(shí)施了以凈資本為核心的風(fēng)險動態(tài)監(jiān)控制度，加強(qiáng)了行業(yè)風(fēng)險合規(guī)監(jiān)管，有效增強(qiáng)了整個行業(yè)監(jiān)管的有效性和針對性。

綜合治理是在黨中央、國務(wù)院的領(lǐng)導(dǎo)下，在各地方政府、有關(guān)部門和司法機(jī)關(guān)等方面的大力支持下，證監(jiān)會集系統(tǒng)監(jiān)管合力實(shí)施的一次堅(jiān)決果斷、周密配套的監(jiān)管行動和影響深遠(yuǎn)的制度改革，也是全行業(yè)進(jìn)行的一次全面深入的自我整頓和自我規(guī)范。在整頓規(guī)范的同時，把促進(jìn)行業(yè)創(chuàng)新發(fā)展放在更加突出的位置，支持證券期貨經(jīng)營機(jī)構(gòu)開展創(chuàng)新，提高行業(yè)競爭力。經(jīng)過幾年綜合治理，我國證券期貨行業(yè)歷史遺留的風(fēng)險隱患基本排除，從瀕于崩潰的邊緣步入良性健康發(fā)展軌道。2006年以來，證券公司扭轉(zhuǎn)了連續(xù)四年虧損的局面，面對本輪國際金融危機(jī)的嚴(yán)峻沖擊，我國證券期貨行業(yè)沒有發(fā)生大的風(fēng)險，保持了穩(wěn)健經(jīng)營、規(guī)范發(fā)展的態(tài)勢。